第一類：不征不退方式。具體程序是：出口商在購買供應商產品的最后環節時，先填寫好由國民經濟和財政部統一印制的免繳增值稅出口申請書，與供應商協商一致后，向稅務部門提交，經批準同意后，該產品在最后環節以不含增值稅的價格由供應商賣給出口商出口，因此也不需要退增值稅。這種方式在希臘出口退稅環節中占較大比例。
　　第二類：先征后退方式。具體程序是：出口商繳納增值稅后再出口，然后憑海關簽章的出口報關單（三聯式發票，其中第二聯退回企業），到所在地稅務部門申請退稅。如果內銷環節出現增值稅倒掛現象，則可以申請退回該差額的增值稅。例如在最后環節某供應商購買用于生產報刊雜志原材料木漿時增值稅率為18%，而制成品報刊雜志的增值稅率僅為4%，這樣就出現增值稅倒掛現象，則該商人可以申請退回14%的差額。
　　第三類：“抵”增值稅方式。如為生產出口貨物的進項稅額可抵頂內銷貨物應繳增值稅，不足抵頂部分，再予以退稅。
　　出口退稅因出口方式的不同而有所區別。希臘的出口方式有三種：買斷出口、出口代理或生產企業直接出口。這三種情況的退稅情況分別為：
　　（一）出口商自行買斷出口：這種方式在希臘較為普遍。如該企業上年無出口退稅方面的劣跡記錄，則該企業可以申請不征不退方式。生產商為便于產品出口，一般都同意以這種方式把商品出售給出口商。
　　（二）出口商代理出口：如出口商代理廠家出口，該出口商不需繳納增值稅，但是被代理廠家在購買原材料時被要求繳納增值稅。出口完成后，廠家須到所在地稅務部門申請退回該增值稅。申請退稅的執行者可為出口代理商或者被代理廠家。 報關員考試報名
　　（三）生產商直接出口：為了降低成本增加利潤，擁有外貿經驗的生產商直接出口，在希臘已成為一種趨勢。生產商在購買原材料時可與原料供應商協商，填寫免繳原材料增值稅申請書出口；或者先繳納原材料增值稅后，再申請退稅。
　　以上三種方式具有兩個前提條件：（1）出口申請免繳的增值稅是最后環節的增值稅。（2）申請免繳增值稅有最高限額。申請部分的出口額以上年出口總額為上限。如某企業2002年的出口金額為500萬歐元，且該企業2002年沒有騙稅等不良記錄，2003年可以申請不含增值稅出口的金額就是500萬歐元。超額部分應先繳納增值稅，再申請退回。
　　出口退稅的監控管理
　　一般來說，在出口商提出申請后一個月時間內，該企業就可以獲得退稅款。在這么短時間內如何有效防止出口商和生產商利用假出口進行騙稅呢？希臘政府為此建立了一套實際有效的措施，包括各種法律規章以及成立專門負責監督管理的機構。同時國民經濟和財政部有關稅務管理總司與海關通力合作，共同防止假出口，打擊騙稅。主要的措施包括：
　　1、成立金融犯罪稽查機構，負責對全希臘的稅務機構和企業進行監管核查；
　　2、定期稽核。全國各級稅務部門、海關內部建立電子聯網系統。出口退稅所需的全部憑證，報關單、收匯核銷單、繳稅專用稅票等均可以通過電子網絡稽查。在國民經濟和財政部建立企業財務信息庫，并將信息庫儲存的信息與稽查部門聯網，實現在線稽查和隨時稽查。稽核內容包括所有原料采購及制成品產出比例記錄、進貨單、進出口核銷單、免繳增值稅申請書、銀行支票及信用執行情況、提貨單等，尤以年營業額在600萬歐元以上的企業作為重點檢查對象。
　　3、不定期抽查。如出現有人告發或檢舉揭發或某公司經常性申請免繳增值稅等情況，稅務部門則會對該企業進行核查。如某企業稅務方面有可疑之處，主要通過地方稅務局查處，中央稅務部門一般不插手地方事務。但是中央財政分布在全國6大區的6個直轄查稅中心及57個地方稅務稽查處則有權查處所在地出口商偷稅漏稅以及稅務機關徇私舞弊等情況。
　　4、十字交叉查稅。所謂十字交叉查稅，就是先查出口商貨物收購發票金額與數量，然后再查對應的供貨商是否有發票存根，數量和金額等與出口商發票是否完全一致；出口報關單的批次、數量和重量等是否與收匯核銷單上的一致；申請退稅與繳稅專用稅票記錄是否一致等。
　　5、如果某企業偷漏稅事實成立，將被處以重罰。涉及增值稅方面的具體處罰方式是：若某企業一年內偷漏稅額逾3000歐元，法庭將判處責任人1年監禁；如某企業一年內偷漏稅額逾73500歐元，法庭將判處責任人10年監禁。
　　雖然希臘稅務措施較為完善，處罰力度也極為嚴厲，但退稅方面還是暴露出了一些問題。如2001年曾在希臘北部查出的涉及金額高達5869萬歐元的出口騙稅案已經引起希臘政府的高度警覺。

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