巴西海關事務由財政部下屬的聯邦稅務總局負責。
巴西海關的主要職責包括：制定和執行海關政策，監督檢查外貿法規的執行情況；征收關稅；實施進口貨物事后稽查；實施海關監管制度；組織反傾銷調查；實施知識產權邊境保護和對貨幣進出境進行監管等。
聯邦稅務總局國務秘書（副部級）是海關最高領導人，1名副國務秘書分管海關事務。全國稅務與海關分為10個納稅區，有的管理海關事務，有的沒有海關事務。
聯邦稅務總局系統共有25000人，其中海關人員有3947人（管理人員2310人、技術人員1637人）。除在聯邦稅務與海關總局負責海關事務的人員79人外，其他人員分布在全國59個內陸口岸、56個邊境保稅（區）倉、94個港口和29個機場免稅店、29個快件監管場所。全國共有502個海關監管點。如，在內陸口岸阿那坡里斯有2名海關人員，桑托斯海關有325人。
根據聯邦稅務與海關總局制定的海關條例，所有貨物的報關程序均需通過“巴西外貿網”(SISCOMEX)進行。貨物申報單在該網立案之日起即為報關程序的開始，該網正式通知貨物通關授權之日起即為報關程序的結束。申請者通過該網可隨時在電腦上查看報關程序的進展情況。
巴西海關對報關進出口貨物實行抽檢的方式，即按照綠色、黃色、紅色三種不同顏色的通道分類處理。
1、綠色通道，即報關貨物可全部免檢，并自動通關。約有64%的進口貨物、80%的出口貨物通過這一通道報關進出口；
2、黃色通道，即僅檢查報關文件，經核實后，貨物自動通關。約有17.3%的進口貨物、19%的出口貨物通過這一通道報關進出口；
3、紅色通道，即報關文件和貨物均需經過檢查后方能通關。約有18.2%的進口貨物、1%的出口貨物通過這一通道報關進出口。另外，進口貨物還有灰色通道，即產品經過容許后才能訂貨和報關進口，約占進口貨物總量的0.5%。